C-5プロピン誘導体試薬

dCの代用としてC-5プロピニルdC (pdC)を使用し、またdTの代用としてC-5プロピニルdU (pdU)を使用する事により、合成核酸における塩基対の生成効率を上げることができます。　このような代用塩基の使用で、合成核酸の二重鎖構造が安定化してDNA融解温度が、C-5プロピニルdC使用時には1置換につき+2.8°、C-5プロピニルdUの使用時には1置換につき+1.7°上昇します。　この修飾塩基の各塩基対への特異的結合能は、アンチセンス研究や高親和性プローブの合成にとても有能である事が証明されています。

商品	商品番号	内容	価格($US)
pdC-CEホスホアミダイド	10-1014-90	100µmol	85.00
	10-1014-02	0.25g	245.00
	10-1014-05	0.5g	490.00
pdU-CEホスホアミダイド	10-1054-90	100µmol	65.00
	10-1054-02	0.25g	195.00
	10-1054-05	0.5g	390.00

二重鎖構造の安定性に影響を与える塩基について

C-5メチルピリミジン ヌクレオシドは、非メチル化塩基に比べ二重鎖構造を安定化する事が知られています。 dCの代わりに5-メチルdCを使用する事で塩基対の結合力が向上し、DNA融解温度が1.3°C上昇します。　これは二重鎖構造の塩基間に存在する水分子が排除されるため、塩基対間の結合が強くなると考えられています。　2,6-Dジアミノプリン 2'-デオキシリボシド(2-アミノdA)は、チミジンとの間に水素結合が更にもう一つ形成されるため、二重鎖構造が安定し、融解温度が3°C上昇します。　弊社の2-アミノdAモノマーは、合成時の脱プリン化には高い安定性を示し、水酸化アンモニウムにより、効率的で迅速に脱保護されます。

GCリッチな配列において塩基対のミスマッチがあっても、G-C塩基対の高い安定性によって支障なくハイブリダイズします。　dCのN4-エチル類似体(N4-Et-dC)は、通常のdGに対してハイブリダイズしますが、この塩基対の安定性は低下し、AT塩基対と同程度になります。　AP-dC(G-クランプ)は、AP-C....G塩基対中に4つの水素結合があり、3つしか水素結合を持たない通常のC....G塩基対に比べてより強い相互作用が生じるため、オリゴDNAのハイブリダイゼーション効率が向上します。

商品	商品番号	内容	価格($US)
5-メチルdC-CEホスホアミダイド	10-1060-90	100µmol	75.00
	10-1060-02	0.25g	185.00
5-メチルdC-CPG	20-2060-01	0.1g	50.00
1µmolカラム	20-2160-41	Pack of 4	200.00
0.2µmolカラム	20-2160-42	Pack of 4	120.00
2-アミノdA-CEホスホアミダイド	10-1085-95	50µmol	70.00
(2,6-ジアミノプリン)	10-1085-90	100µmol	125.00
	10-1085-02	0.25g	250.00
N4-エチルdC-CEホスホアミダイド	10-1068-95	50µmol	125.00
	10-1068-90	100µmol	225.00
	10-1068-02	0.25g	675.00
AP-dC-CEホスホアミダイド	10-1097-95	50µmol	230.00
	10-1097-90	100µmol	460.00
	10-1097-02	0.25g	1175.00

固定核酸(LNA™)ホスホアミダイド

固定核酸(Locked Nucleic Acid=LNA)は、全く新しい配座固定核酸類似物として、1998年にウェンゲルの研究チームによって最初に紹介されました。¹　LNAは、リボ核酸の2’-酸素原子と4’-炭素原子がメチレン基を介して繋がった形の2重環核酸です。　LNAを含むオリゴヌクレオチドは、相補DNAやRNAにおいて、従来にない熱安定性を示し²　ミスマッチを劇的に減少します。　実際には、高い結合親和性を持つLNAオリゴは、一塩基多型(SNP)を用いた遺伝子配列決定や、対立遺伝子特異性PCR、mRNAサンプル合成等に使用する短鎖プローブに使われています。 ³　事実、LNAは、両末標識プローブ、in situハイブリダイゼーション用プローブ、モレキュラービーコンやPCR用プライマー等、高い特性や再現性が要求されるハイブリダイゼーション分析に最適です。　更にLNAは、マルチプレックスアッセイ用のプライマーやプローブのTm値を調整する事ができます。　このように有用な特性を持つため、現在、LNA-修飾オリゴはアンチセンス薬の開発への鍵としてその利用について研究されており、⁴また、最近ではLNAの病気治療への利用が検討されております。⁵　LNAはDNAやRNAと混合する事が可能であると共に他の核酸類似物質や修飾物、標識品等と混合して使用する事ができます。　LNAオリゴヌクレオチドは水溶性で、ゲルによる電気泳動やエタノール沈殿法での分離が可能です。

二重鎖構造安定化と末端における塩基対生成の信頼性改善に使用されるキャップ液

ハイブリダイゼーション用プローブの作成において、全く新しい構造を持つキャップを使用する事により、相補配列への親和性を増加させる事ができます。　オリゴヌクレオチドのキャップに使用されるモノマーのホスホアミダイドは、自動DNA合成機を使った固相合成の最後尾へ簡単に導入する事ができます。　このキャップを施す事により、オリゴ末端での塩基対の結合力が高まり、安定なワトソン-クリックの2重ラセン構造を形成させる事ができます。(図1).

図1: キャップ済み末端塩基対の結合

短鎖オリゴの二重鎖構造における融点は、キャップ修飾1つにつき10 °C以上上昇します。^1,2　このキャップは標準的なワトソン-クリック塩基対に関してのみ結合し、一致しない塩基対では結合は生じません。　このキャップの特徴によって、末端及び末端から2番目の塩基対の選択性が高まります。　通常、末端部分では塩基対の正確さが低下しやすくキャップがない状態では、塩基対の不一致によってほころびが生じやすくなります。　このキャップは長い2重鎖DNAにおいても、その結合性に優れた効果を示すので、2重鎖構造の形成時に末端が不安定になるという心配がなくなります。^1,2　また、オリゴヌクレオチドの末端にキャップを施すと、その疎水性により逆相カラム又はカートリッジ内での保持時間が延長され精製効率も改善します。　ただし、末端にキャップを施したオリゴヌクレオチドは、エクソヌクレアーゼの効果を低下させる事がありますのでご注意下さい。