PCR/シークエンス用試薬

2本鎖効果

遺伝コードの縮重が生じる事を考慮に入れると、プライマーのデザイン作業がかなり複雑になる事がよくあります。　現在ではこのような問題を解決するのに、以下のような3つの対策が考案されています。　まず、最初は、遺伝コードの縮重が生じる部位に混合塩基/ミックス(N)を追加する方法です。この方法は、縮重が生じている部位が比較的少ない場合に最適です。 2つめに、他の4つの塩基に対して結合は弱いが不均衡な水素結合を形成する2’-デオキシイノシンや、2’-デオキシネブラリンを使う方法があります。　3つめは、ユニバーサル核酸を使用する方法があります。　この方法では、核酸類似物質が他の4つの核酸と塩基対を作れずハイブリダイズできないため、挿入剤として作用する事で、2本鎖内に不安定な部位を作る特性を利用しています。　3-ニトロピロール2’-デオキシヌクレオシド(M)は、このユニバーサル塩基の最初の使用例でした。　その後、2本鎖における融解実験によって5-ニトロピロールが、3-ニトロピロールよりも効率の良いユニバーサル核酸として優れている事が明らかとなり、新たに製品として追加されています。

PとKで表される修飾塩基は、劣化塩基と見なすことができます。　Pで示されるピリミジン誘導体は、オリゴヌクレオチド内に導入されるとA又はGと塩基対を作り、Kで示されるプリン誘導体はオリゴヌクレオチド内に導入されるとC又はTと塩基対を作ります。　dP+dKミックスもまた、dA+dC+dG+dT(N)より縮重が少ない混合塩基として使われています。

イソ-Cとイソ-Gとの間でも通常のワトソン-クリック塩基対が形成されますが、水素結合の形式は天然で見られるA-TとC-Gの塩基対とは大きく異なります。(オリゴヌクレオチドの合成過程や脱保護過程で起こりうる脱アミノ化反応により、2’-デオキシイソシチジンは不安定になる事が報告されているため、合成には5-メチル類似物が使用されています。)

商品 商品番号 内容 価格($US)
dA+dG-CEホスホアミダイド 10-1002-02 0.25g 20.00
dC+dT-CEホスホアミダイド 10-1013-02 0.25g 20.00
dA+dC+dG+dT-CEホスホアミダイド 10-1023-02 0.25g 20.00
他の組み合わせの塩基混合や個々のモノマーのカスタム調合（任意の比率での混合）もご希望があれば対応致します。　また、混合塩基のカラム製品のサイズは、0.2µmolと1.0µmolからお選び頂けます。
dI-CEホスホアミダイド 10-1040-90 100µmol 50.00
  10-1040-02 0.25g 120.00
dI-CPG 500 20-2040-01 0.1g 30.00
1µmol カラム 20-2190-41 4個包装 120.00
0.2µmol カラム 20-2190-42 4個包装 72.00
dI-CPG 1000 20-2041-01 0.1g 30.00
1µmol カラム 20-2191-41 4個包装 120.00
0.2µmol カラム 20-2191-42 4個包装 72.00
dU-CEホスホアミダイド 10-1050-90 100µmol 50.00
  10-1050-02 0.25g 120.00
dU-CPG 500 20-2050-01 0.1g 30.00
1µmol カラム 20-2150-41 4個包装 120.00
0.2µmol カラム 20-2150-42 4個包装 72.00
dU-CPG 1000 20-2051-01 0.1g 50.00
1µmol カラム 20-2151-41 4個包装 200.00
0.2µmol カラム 20-2151-42 4個包装 120.00
2'-デオキシネブラリン-CEホスホアミダイド 10-1041-90 100µmol 105.00
(プリン) 10-1041-02 0.25g 255.00
3-ニトロピロール-CEホスホアミダイド 10-1043-90 100µmol 125.00
  10-1043-02 0.25g 325.00
3-ニトロピロール CPG 20-2043-01 0.1g 60.00
1µmol カラム 20-2143-41 4個包装 200.00
0.2µmol カラム 20-2143-42 4個包装 120.00
5-ニトロインドール-CEホスホアミダイド 10-1044-90 100µmol 125.00
  10-1044-02 0.25g 325.00
5-ニトロピロール CPG 20-2044-01 0.1g 60.00
1µmol カラム 20-2144-41 4個包装 200.00
0.2µmol カラム 20-2144-42 4個包装 120.00
dP-CEホスホアミダイド 10-1047-90 100µmol 195.00
  10-1047-02 0.25g 595.00
dK-CEホスホアミダイド 10-1048-90 100µmol 195.00
  10-1048-02 0.25g 595.00
dP+dK-CEホスホアミダイド 10-1049-90 100µmol 195.00
  10-1049-02 0.25g 595.00
dP-CPG 20-2047-01 0.1g 125.00
1µmol カラム 20-2147-41 4個包装 250.00
0.2µmol カラム 20-2147-42 4個包装 150.00
dK-CPG 20-2048-01 0.1g 125.00
1µmol カラム 20-2148-41 4個包装 250.00
0.2µmol カラム 20-2148-42 4個包装 150.00
dP+dK-CPG 20-2049-01 0.1g 125.00
1µmol カラム 20-2149-41 4個包装 250.00
0.2µmol カラム 20-2149-42 4個包装 150.00
dmf-5-メチル-イソdC-CEホスホアミダイド 10-1065-90 100µmol 100.00
  10-1065-02 0.25g 255.00
dmf-イソdG-CEホスホアミダイド 10-1078-90 100µmol 165.00
  10-1078-02 0.25g 355.00


 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

知的所有権

イソ塩基は、米国特許No.5,432,272、6,001,983、6,037,120及び6,140,496に基づき、エラジェン・バイオサイエンス社からの使用許諾契約を受けて販売しております。

連結停止試薬

5’末端でライゲーションを止めたい場合は、5’-メトキシ-dTが使用されます。　5’-アミノdTで連結を停止させたオリゴヌクレオチドは、その後ペプチドやPNA配列と連結させる事が可能な5’-アミノ基を持ってます。　3’末端でのポリメラーゼによる伸長反応を抑えるためには、2’,3’-ジデオキシヌクレオシド及び3’-デオキシヌクレオシドCPGが効果的である事が分かっています。　2’,3’-ホスホアミダイドは、5’-ホスホアミダイドとサポートと共に使用するよう設計されています。　これらのホスホアミダイドはDMT基を持たないので、DMT-on精製法をご利用の場合は使用できません。　このような末端ジデオキシオリゴの精製は、3’-水酸基を持った短い配列の混合物を取り除くため、イオン交換法か又はPAGE精製を行う必要があります。(5’-サポートによる3’-3’結合や3’-スペーサーC3 CPGで、3’-末の伸長を止める事ができます。)
商品商品番号 内容価格($US)
5'-メトキシdT-CEホスホアミダイド 10-1031-90 100µmol 135.00
  10-1031-02 0.25g 355.00
5'-アミノdT-CEホスホアミダイド 10-1932-90 100µmol 150.00
  10-1932-02 0.25g 400.00
3'-dA-CPG 20-2004-01 0.1g 300.00
1µmol カラム 20-2104-41 4個包装 600.00
0.2µmol カラム 20-2104-42 4個包装 200.00
3'-dC-CPG 20-2064-01 0.1g 300.00
1µmol カラム 20-2164-41 4個包装 600.00
0.2µmol カラム 20-2164-42 4個包装 200.00
3'-dG-CPG 20-2074-01 0.1g 300.00
1µmol カラム 20-2174-41 4個包装 600.00
0.2µmol カラム 20-2174-42 4個包装 200.00
3'-dT-CPG 20-2084-01 0.1g 300.00
1µmol カラム 20-2184-41 4個包装 600.00
0.2µmol カラム 20-2184-42 4個包装 200.00
2',3'-ddC-CPG 20-2017-01 0.1g 300.00
1µmol カラム 20-2117-41 4個包装 600.00
0.2µmol カラム 20-2117-42 4個包装 200.00
2',3'-ddA-CEホスホアミダイド 10-7001-90 100µmol 130.00
  10-7001-02 0.25g 545.00
2',3'-ddC-CEホスホアミダイド 10-7101-90 100µmol 130.00
  10-7101-02 0.25g 545.00
2',3'-ddG-CEホスホアミダイド 10-7201-90 100µmol 130.00
  10-7201-02 0.25g 545.00
2',3'-ddT-CEホスホアミダイド 10-7301-90 100µmol 130.00
  10-7301-02 0.25g 545.00

以下のページもご参照下さい。

5’-ホスホアミダイド製品 p33

5’-サポート製品 p34

3’-スペーサーC3 CPG製品 p70