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2’-メトキシ-RNAホスホアミダイドグレンリサーチの2’-メトキシ-RNA CE(ß-シアノエチル)ホスホアミダイドは、ヌクレアーゼ耐性2’-メトキシ-リボヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを合成するときに使用できます。 2’-メトキシオリゴヌクレオチドの脱保護、分離、取り扱いについては、通常のオリゴデオキシヌクレオチドの手順と全く同じ方法でできます。
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ウルトラマイルド2’-メトキシ-RNAウルトラマイルド・モノマーを使用したオリゴヌクレオチドの合成は、TAMRA、HEX及びCy5のような、様々な条件で安定性を失う色素を導入する際によく利用されて。 このDNAおよびRNAモノマー製品は現在販売されており、2’-メトキシ-RNAモノマー・セット製品を追加販売致します。 弊社が採用しているこの化学に沿って、Aにはフェノキシアセチル基(Pac)、Cにはアセチル基(Ac)、Gにはイソプロピル-フェノキシアセチル基(iPr-Pac)を保護基として使用しております。
通常利用されているキャップ液中の無水酢酸が、アミン保護基が不安定な状況においてアミノに、アミノ転移反応が起こる原因になる事がわかってきています。 これは同時に、アミノ基に接続されているアセチル保護基を切出し難くしてしまいます。 このため、弊社では、オリゴヌクレオチドにdG残基が多く含まれている場合は、キャップA液にフェノキシ酢酸無水物(PAc2O)の使用をお勧めしております。 この修正では、キャップ液中の無水酢酸によってdGのイソプロピル-Pac保護基がアセチル基と置換る可能性を解消します。
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2’-メトキシ-RNAサポート製品特にご希望がない限り、ABI用カラムは、1µmol及び0.2µmolスケールでご提供いたします。
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希少2’-メトキシ-RNAホスホアミダイド製品2’-メトキシ-RNA複合体の構造を確認する際の試薬として、以下のリストに挙げるCEホスホアミダイド製品をご用意しております。 リボザイムの研究に2-アミノプリン誘導体が検査されるのと同様に、2’-メトキシ-Tは、3重鎖ラセン構造の研究に利用されています。 水素結合が追加されるため、2,6-ジアミノプリン(2-アミノ-アデノシン)結合は、アデノシンに比べてウリジンとより強い結合を作ります。 2’-メトキシ-5-メチルCと2’-メトキシ-Iを含むオリゴヌクレオチドの、2’-メトキシ-RNAを使った3重鎖構造やアンチセンスの研究への利用については、研究者からの注目を集めています。 2’-メトキシ-5-ブロモ-U ホスホアミダイドは、その分子の重量を利用した結晶学から、その光安定性が低い事を利用したクロスリンクまで幅広い用途が可能となります。 5-フロロ-ピリミジンヌクレオシドは、診断用試薬に使用されており、オリゴヌクレオチドの構造や活性への効果については、2’-メトキシ-RNA誘導体を使って検査する事ができます。 2‚4‚6-トリメチルフェニル(TMP)保護の2’-メトキシ-U誘導体は、変換型ヌクレオシドであり、アンモニアと反応すると5-フロロ-dC誘導体を形成します。 2’-メトキシ-3-デアザ-5-アザ-C(逆転C)類縁体は、オリゴヌクレオチド内でDNAメチル化酵素阻害剤の5-アザシチジン模倣物として作用します。 この時、Cに対する結合能は減退する傾向があります。
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